A travessia Salvador-Morro de São Paulo continuará operando hoje com conexão em Itaparica, pois as condições de navegação em todo o trajeto marítimo entre a capital e a Ilha de Tinharé seguem impróprias. Sendo assim, os catamarãs saem normalmente do Terminal Náutico, atracam em Itaparica, onde os passageiros desembarcam e seguem de ônibus até a Ponta do Curral, em Valença, e atravessam em lanchas para o Morro de São Paulo.
Outra opção de conexão que pode ser praticada pelos operadores da travessia é a utilização do Sistema Ferry Boat. Neste caso, os passageiros da linha de Morro de São Paulo são transportados até Bom Despacho, de onde fazem o percurso, também em ônibus, até a Ponta do Curral. A Astramab informa que com conexão o tempo total da travessia fica em 3h e 20m, uma hora a mais em relação à viagem direta.
